Kann ich dir leider so nicht sagen. Ist abhängig von der Hardware und dem Dateisystem der Festplatte.
NTFS verwendet z.B. eine Baumstruktur. Bei einer Suchanfrage teilt er diese immer durch Zwei und kommt dann letzendlich sehr schnell zu einem ergebnis. Ausserdem schreibt NTFS die Daten intelligent um Fragmente zu verhindern - insofern sollte eigentlich auch das Defragmentieren wegfallen. Ist nicht mehr so wichtig.
FAT hingegen benutzt keine Baumstruktur sondern ein einfaches Inhaltsverzeichniss was bei vielen Dateien einfach extrem langsam wird. Intelligent schreiben ist hier auch nicht angesagt, also hier sollte man ab und an mal defragmentieren.
Bei dieser Rechnung gibt es keinen genauen "Punkt" ab wievielen Dateien man Unterordner verwenden sollte. Schau einfach ob du schnell durch die Ordner surfen kannst oder nicht
Ich denke wenn man NTFS verwendet und ein aktuelles System hat, sollten (wenn es um Musik geht, ich denke keiner hat hier paar Millionen Tracks) keine Probleme auftauchen.
Ich persönlich versuch die Ordner einfach möglichst übersichtlich fürs Auge zu halten. Also wenn ich mehrere Titel von einem Interpret habe, dann kommen die dort rein, wenn diese Titel auch noch einem Album angehören was ich besitze, dann kommen die in einem Unterordner mit dem Namen des Albums.
Wenn man nur einen einzelnen Track von nem Interpreten hat, dann könnte man die zusammen mit anderen solcher Tracks in einen entsprechenden Ordner schieben.