Software für Audio-Bearbeitung/Aufnahme gibt’s inzwischen viel. Ich empfehle trotzdem immer ganz gerne Cool-Edit, weil es ein sehr gutes Preis/Leistungsverhältnis hat. Als Alternativen würden mir spontan die großen Audio-Sequenzer von Emagic und Steinberg einfallen, oder für den größeren Geldbeutel die Pro-Tools Software.
Probleme wie die, die du hast entstehen allerdings meistens nicht durch fehlerhafte Software (es sei denn du hast eine schlecht gerippte/gecrackte Kopie) sondern durch fehlkonfigurierte Systeme. Alle Windows-Betriebssysteme sind mehr oder weniger auf Office-Anwendungen und Multitasking ausgelegt und sollten für professionelle Audio-Bearbeitung erst mal etwas „getuned“ werden. Das gleiche gilt für die Anzahl der installierten Programme: Gerade die ganzen Internet-Programme, Spiele, etc..verursachen einiges an Treiber- und Datenmüll. Die beste Lösung ist es sich einen Rechner zuzulegen, der nur für Audio-Bearbeitung genutzt wird und auf dem keine Anwendungen installiert sind, die das System bremsen könnten.
Ansonsten kann ich nur empfehlen den Mix zuerst auf einem anderem digitalem Medium der Marke MD oder DAT aufzunehmen um sich solchen Ärger zu ersparen.